Kun Winscp:n käynnistää, tulee esille seuraava ikkuna, johon täytetään palvelinkoneen IP-osoite, käyttäjätunnus ja salasana. Huomaa, että CSC:n laskentaympäristössä käy vain CSC:n antama käyttäjätunnus ja siihen kuuluva salasana, jotka saattavat olla erilaisia kuin oman yliopistosi käyttäjätunnus!
File protocol -valikosta valitaan SCP, jonka jälkeen painetaan ”Login”.
Ensimmäisellä kirjautumiskerralla tulee seuraaavanlainen varoitus, johon vastataan ”Yes”.
Yhteyden synnyttyä Winscp:n pääikkuna aukeaa. Pääikkunassa voit siirtää tiedostoja puolin ja toisin (palvelimelta omalle koneelle ja päinvastoin) vaikka raahaamalla.
WinSCP-ohjelmalla voi ainoastaan siirtää tiedostoja palvelimelle ja sieltä pois. Sillä ei voi käyttää palvelimella olevia ohjelmia (ne toimivat ainoastaan komentorivipohjaisesti).